El Consejo Nacional de Jóvenes elige en mayo a un Comité Coordinador el cual está compuesto por 6 miembros del Consejo Nacional y funciona como una junta directiva (se eligen 3 miembros cada año por un periodo de dos años). Esta estructura se ve apoyada básicamente en dos documentos: Política Nacional de Participación Juvenil, que es un documento de la Junta Directiva Nacional elaborado en conjunto con miembros juveniles, Y el P.O.R. (Principios de Organización y Reglamento de la Asociación de Guías y Scouts de Costa Rica) el cual dedica su Sección Séptima al Consejo Nacional de Jóvenes.
El Comité Coordinador tiene, entre otras, la función de dictar los lineamientos para la realización de los Foros Regionales, organizar las sesiones del Consejo Nacional de Jóvenes y presentar a los demás órganos las propuestas que emanen del Consejo Nacional.
Para el periodo 2009-2010 el Comité Coordinador está compuesto por:
María Andrea Quiros (Presidenta)
Alexander Bermúdez Acevedo (Vicepresidente)
Susan Gamboa (Secretaria)
María Laura Navarro (Prosecretaria)
Manfred Parrales (Vocal)
Joanne Araya (Fiscal)
